Komisja habilitacyjna, która rozpatrywała i oceniała wniosek o nadanie stopnia doktora habilitowanego, kończy swoją pracę wraz z przyjęciem uchwały w charakterze opinii, która staje się podstawą do dalszego procedowania przez organ kolegialny uczelni dysponującej stosownym uprawnieniem do nadawania tego stopnia. Jeśli opinia komisji ma negatywny wynik dla habilitanta, to znaczy, że jej członkowie nie rekomendują radzie dyscypliny czy dziedziny naukowej lub też senatowi uczelni (w niektórych uczelniach rektorzy nie delegują uprawnień do nadawania stopni naukowych na inne organy niż senat) nadania tego stopnia. To członkowie organu kolegialnego muszą zapoznać się z dokumentacją całego postępowania (harmonogram, recenzje, opinie, protokół posiedzenia komisji, uchwała wraz z jej uzasadnieniem), by podjąć dyskusję i postanowienie o nadaniu czy o odmowie nadania stopnia naukowego.
Przewodniczący danego organu może zaprosić na jego posiedzenie w sprawie takiego wniosku członków komisji habilitacyjnej. Ci zaś mogą, ale nie muszą w nim uczestniczyć. Nie mają bowiem prawa do głosowania w procedurze związanej z postawionym przez przewodniczącego wnioskiem. Mogą, rzecz jasna, zabrać głos w dyskusji. W wielu przypadkach, nawet jak organ analizuje wniosek przewodniczącego posiedzenia o odmowę nadania stopnia doktora habilitowanego, członkowie komisji raczej nie korzystają z zaproszenia i nie uczestniczą w fazie dyskusji, która poprzedza głosowanie.
Jeśli decyzja/postanowienie organu uczelni jest dla habilitanta negatywna/-e, to musi on być o tym powiadomiony wraz z informacją, jakie przysługują mu prawa do złożenia odwołania oraz w jakim trybie może je przedłożyć. Odwołanie musi być kierowane albo 1) do Centralnej Komisji Do Spraw Stopni i Tytułów, jeżeli postępowanie habilitacyjne zostało wszczęte do 30 kwietnia 2019 r., albo 2) do Rady Doskonałości Naukowej, jeżeli postępowanie habilitacyjne toczy się na mocy nowej ustawy z 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce. W obu przypadkach habilitant składa odwołanie do centralnego organu, ale za pośrednictwem organu uczelni, w której prowadzone było postępowanie habilitacyjne.
Członkowie komisji habilitacyjnej mogą być ponownie zaproszeni przez organ uczelni na tę część obrad, która dotyczy opiniowania wniosku odwoławczego habilitanta do w/w organu centralnego. To kwestia akademickiej kultury, czy przewodniczący rady uważa za stosowne zaproszenie przynajmniej tych członków komisji, w stosunku do których odnosi się habilitant. Powinni oni mieć bowiem możliwość zabrania głosu w dyskusji nad treścią odwołania habilitanta, gdyż coraz częściej habilitanci stosują argumentację ad personam.
To prawda, że członek komisji habilitacyjnej nie jest - w sensie administracyjno-prawnym - stroną w sprawie odwołania habilitanta. Jest jednak stroną w sensie merytorycznym, akademickim, jeśli treść odwołania dotyczy jego postępowania eksperckiego. Dotychczasowa praktyka w wielu uniwersytetach, w których z szacunkiem i powagą podchodzi się do rzetelnej krytyki naukowej i traktuje universitas jako akademicką wspólnotę, a nie jako urząd - niektórzy członkowie komisji habilitacyjnej nie tylko są zapraszani także na posiedzenie związane z odwołaniem habilitanta, by mogli przedstawić swoja opinię w zakresie potwierdzenia zasadności czy merytorycznej nonsensowności treści odwołania.
Pominięcie ich obecności sprawia, że nawet nie są świadomi tego, w jakim zakresie i kontekście analizuje się i dyskutuje o ich recenzjach. W moim uniwersytecie szanuje się profesorów, ekspertów, zapraszając ich na posiedzenia Komisji, która rozpatruje odwołanie habilitanta. Dla nas ważniejsza jest nauka, skoro prawo nie zabrania zaproszenia w ramach tej procedury.
Nie zapraszając na posiedzenie organu uczonego, którego także dotyczy wniosek odwoławczy (pośrednio), można będzie doświadczyć tego samego na własnej skórze w innej uczelni. Tak zaczyna się destrukcja uniwersyteckiej kultury. Niezależnie od tego, jakie będzie ostateczne postanowienie organu (popierające czy odmawiające poparcia odwołania habilitanta), musi ono wraz z całą dokumentacją zostać przekazane - odpowiednio albo do Centralnej Komisji (ale tylko do grudnia 2020 r.), albo do Rady Doskonałości Naukowej (także dotyczy to wniosków, które nie zdąży już objąć analizą CK).